Deux autres organes opérationnels interviennent dans la coordination du projet Cocoa4Future :

- un comité de pilotage (CP), chargé de contrôler et de valider l’avancement du projet. Y siègent les représentants des partenaires ayant le statut, avec le Cirad, de codemandeurs - qui ont signé un Accord de consortium -, ainsi que des observateurs (bailleurs de fonds, institutionnels, etc.) qui n’ont pas de droit de vote.

- un comité de suivi scientifique et technique (CST), constitué de personnalités scientifiques extérieures au projet Cocoa4Future, aux compétences en lien avec les thématiques abordées dans les différents modules d’activités. Il est chargé de l’animation scientifique et technique du projet.

Comme le montre le schéma de l’architecture opérationnelle du projet Cocoa4Future, la cellule de coordination s’appuie également d’une part, sur des points focaux opérationnels, chargés de lui faire remonter tout dysfonctionnement au sein de leurs institutions respectives, et d’autre part, sur une cellule de communication consultée pour une gestion collégiale du plan de communication du projet.           

Points focaux opérationnels et cellule de communication sont en lien étroit avec les binômes de chercheurs chargés de la mise en œuvre des cinq modules d’activités, de leur avancement technique, de leur animation scientifique, de leur contribution aux livrables du projet et de la rédaction des rapports annuels.